功能性食品目前沒有一個準確定義，大部分情況下指的是具有特定營養保健功能的食品，即適宜特定人群食用，具有調節機體功能，不以治療為目的的食品。功能性食品代加工則需要根據國內對不同類別產品的具體標準進行針對性操作，必須保證產品及項目合規性，這是基本前提。
根據《食品安全法》的規定，我國食品類別可劃分為普通食品與特殊食品兩大類，特殊食品中包含了保健食品，分類中並沒有“功能性食品”的名稱。功能性食品在國內不是一個法定的概念，在特定概念上，它是具有特定營養保健功能的食品。這類食品在國外其實叫作膳食補充劑或者機能性食品。因此，按照常規理解，對應食品代工企業的生產許可明細，可對應一下兩個類別：
1，特殊膳食食品：為滿足特殊的身體或生理狀況和(或)滿足疾病、紊亂等狀態下的特殊膳食需求，專門加工或配方 的食品。這類食品的營養素和(或)其他營養成分的含量與可類比的普通食品有顯著不同。
2，保健食品：指聲稱並具有特定保健功能或者以補充維生素、礦物質為目的的食品。即適用於特定人群食用,具有調節機體功能，不以治療疾病為目的，並且對人體不產生任何急性、亞急性或慢性危害的食品。
1，特殊膳食食品代加工：客戶(委托方)辦理營業執照和經營許可證，便可找工廠代工合作。不同品類產品的標誌性成分含量需要達到對應執行標準的要求。
2，保健食品代加工：委托方需要攜帶自有健字號，尋找擁有GMP車間標準的代工廠合作，通過工廠備案並且取得生產批件以後，便可開展保健食品代工活動。健字號保健食品代加工是批號對應的特定產品的委托生產，產品固定，並且OEM工廠必須具備對應產品的完整生產工藝，否則工廠無法接單。
在大健康食品代加工行業，也有一部分投資者會將壓片糖果、固體飲料、代用茶等藥食同源產品歸類為功能性食品。這種分類方式並不符合產品類別的定義。壓片糖果、固體飲料、代用茶屬於普通食品，不限定特定人群，不具備保健功能。但是由於此類產品的起步門檻，更適合藥食同源產品代加工項目，因此也備受青睞。
功能性食品代加工為特殊膳食和保健食品代工項目，涵蓋片劑、粉劑、顆粒、膠囊等多個劑型，對工廠車間、工藝、設備、流程以及相關的倉儲和品控都有嚴格要求。找工廠OEM貼牌合作，需要嚴格執行相關標準。
